Шкода що вся інтрига фільму як виявилося в тому що Матриця насправді про трансгендерних людей та як вийти із шкафа. А скільки було суперечок, на тему філософії у фільму, релігії, погляду на майбутнє людства! Лілі Вачовскі підтвердила, що трилогія “Матриця” є метафорою про трансгендерних людей. Вона розповіла, що фільм відображає прагнення до трансформації та гендерної ідентичності. Наприклад, персонаж Світч спочатку був задуманий як гендерфлюїдний: чоловік у реальному світі та жінка у Матриці2.
Лілі також зазначила, що на момент виходу фільму світ ще не був готовий до такої теми, але вона рада, що фанати зрозуміли цей посил і що фільми стали значущими для трансгендерних людей.